广州医科大学附属口腔医院儿童口腔科是医院重点发展的科室之一，位于医院大楼五楼。

儿童口腔科的工作是专门针对0-18岁儿童及青少年口腔疾病的预防和诊治。目前拥有12台儿童专用牙科治疗椅，同时配备如笑气吸入镇静系统、镍钛机动根管预备系统、热牙胶充填仪、电子根尖定位仪等国际先进的仪器设备。

广州医科大学附属口腔医院儿童口腔科实行“四手操作”，诊治过程中医护协调配合以提高诊疗效率，降低儿童患者的不适感，就诊环境温馨、活泼充满童趣，设有电视机、VCD机、图书与玩具等儿童乐园候诊区，帮助就诊儿童及家长消除对口腔治疗的恐惧心理，以轻松愉快的心情接受口腔卫生宣教并积极配合治疗。