广州医科大学附属第二医院普通外科是广东省临床重点专科、广州市属高校重点扶持学科，外科学硕士学位授予单位，临床医学博士点。2014年成为全国首批住院医师规范化培训基地（外科专业基地），于2018年成为全国首批“普通外科学”专科医师规范化培训制度试点专科培训基地。

该学科是广州医科大学附属第二医院的品牌学科，集医疗、科研、教学于一体全面发展，具有成立时间早、技术全面、亚专业学科成熟等特点，在行业内及患者中享有较高的声誉。现有床位数296张，包括肝胆、胃肠、乳腺、血管4个亚专科及番禺院区、外科实验室和院士工作站。其中，肝胆胰外科是国内较早开展腹腔镜超声及ERCP微创治疗肝胆系列疾病的科室之一；胃肠外科主要以诊治胃肠道肿瘤（胃癌、结直肠癌、间质瘤等）为重点方向，辅以腹部良性疾病、甲状腺疾病、肛门良性疾病、疝和腹壁外科疾病的诊治；乳腺外科是集手术、化疗、内分泌治疗、生物靶向治疗以及放射治疗于一体的新型科室；血管外科是广东省收治血管外科疾病种类最为丰富和齐全的血管疾病防治专科，主要针对除脑血管、心脏血管以外的外周血管疾病的预防、诊断和治疗。

肝胆外科是国内较早开展腹腔镜超声及ERCP微创治疗肝胆系列疾病的科室之一，配备了高清腹腔镜系统、胆道镜系统、电子消化内镜系统、设备齐全的内镜及外科介入手术室、多用途彩色超声系统、肿瘤微波消融系统等高尖端设备，肝胆外科于1993年开始施行腹腔镜胆囊切除术，1996年引进腹腔镜超声技术进行肝胆胰疾病的诊断及治疗，并开展腹腔镜超声联合荧光引导下的解剖性肝切除，腹腔镜胰腺十二指肠切除（LPD）等高难度手术。科室于1994年应用十二指肠镜技术对胆管结石行微创取石、恶性阻塞性黄疸行内支架置入引流治疗及胆道损伤、急性胆道感染、急性重症胰腺炎的内镜治疗（ERCP技术）。较早开展分期经皮肝胆道镜治疗胆管结石（PTCS技术），该项技术在肝胆外科已经成熟应用。

胃肠外科秉承精细的手术风格，严谨的科学作风，始终走在胃肠外科发展的最前沿，是广东省最早开展腹腔镜微创手术治疗胃癌和结直肠癌的单位之一，并且在腹股沟疝及甲状腺治疗领域也享有一席之地。在广东省乃至国内享有较高的学术地位和知名度，也是医院以微创手术发展为主导的特色重点专科之一。科室以胃肠道肿瘤（胃癌、结直肠癌、间质瘤等）诊治为重点方向，辅以腹部良性疾病、甲状腺疾病、肛门良性疾病、疝和腹壁外科疾病的诊治。目前，科室在胃肠恶性肿瘤根治手术规范和患者生存预后方面均达到国内先进水平。此外，科室开展快速康复外科（ERAS），让患者以最小的痛苦、最快的时间恢复正常的工作和生活。

乳腺外科成立于2004年，经过十余年的不懈努力已经发展成为一个集外科手术、内科化疗、内分泌治疗、生物治疗以及放射治疗于一体的新型科室，同时兼具乳腺癌及乳腺良性疾病的普查、咨询、诊治、随访和保健服务。乳腺外科现为广东省临床重点学科、住院医师规范化培训基地、广东省乳腺专科护士培训基地、广东省淋巴水肿专科护士培训基地。目前开展乳腺癌的早期诊断以及涵盖手术、化疗、术中及术后放疗、内分泌治疗、分子靶向生物治疗全方面的综合治疗；以及各种良性乳腺疾病如乳房良性肿瘤、男性乳腺发育、急慢性乳腺炎的诊断及微创治疗。

血管外科是广东省收治血管外科疾病种类最为丰富和齐全的血管疾病防治专科，主要针对除脑血管、心脏血管以外的外周血管疾病的预防、诊断和治疗。血管外科的特色技术有腹主动脉瘤(AAA)、主动脉夹层（AD）、下肢动脉硬化闭塞症（ASO）和血栓闭塞性脉管炎（Buerger病）、下肢深静脉血栓形成（DVT）和髂静脉压迫综合征（IVCS）、下肢静脉曲张和慢性静脉功能不全（CVI）、下肢深静脉血栓形成后综合征（PTS）和静脉性溃疡、血透患者透析通路的建立与维护等。